In einer großen Schüssel Spätzlemehl, Eier, Salz und Muskat vermengen. Das Wasser nach und nach hinzufügen und den Teig mit einem Kochlöffel oder Handmixer kräftig schlagen, bis er Blasen wirft und zäh vom Löffel reißt. Den Teig anschließend 15 Minuten ruhen lassen.
Einen großen Topf mit reichlich Salzwasser zum Kochen bringen. Den Spätzleteig portionsweise mit einem Spätzlehobel, einer Spätzlepresse oder vom Brett ins Wasser geben.
Sobald die Spätzle an die Oberfläche steigen (nach etwa 40–60 Sekunden), mit einem Schaumlöffel herausnehmen, kurz in kaltem Wasser abschrecken und gut abtropfen lassen.
Die Zwiebelringe mit Butterschmalz oder Öl, Salz und Zucker vermengen. In der Heißluftfritteuse bei 160 °C für 12–15 Minuten goldbraun rösten und den Korb alle 5 Minuten schütteln. Anschließend beiseitestellen.
Eine ofenfeste Form leicht einfetten. Die warmen Spätzle mit der Käsemischung und der Sahne schichtweise einfüllen. Mit einer Schicht Käse abschließen und nach Belieben mit schwarzem Pfeffer würzen.
Die Form in die Heißluftfritteuse stellen und 8 Minuten bei 180 °C backen, bis der Käse vollständig geschmolzen ist.
Die Temperatur auf 200 °C erhöhen und die Käsespätzle weitere 3 Minuten backen, bis die Oberfläche goldbraun und leicht knusprig ist.
Die Käsespätzle aus der Heißluftfritteuse nehmen, mit den knusprigen Röstzwiebeln bestreuen und 2 Minuten ruhen lassen. Sofort heiß servieren.